Миндаль с древних времен использовали как лекарственное средство. Использовались ядра сладкого и горького миндаля, камедь, масло из семян, а также кора корней миндаля. Ядра миндаля в основном рекомендовались в качестве общеукрепляющего, противовоспалительного, ранозаживляющего, мягчительного, косметического и противоядного средства.
Арабский врач Ибн Массуи использовал жареный миндаль при заболеваниях кишечника, а другой арабский врач, Абу Мансур, применял миндаль в случаях болезненного мочеиспускания, а вместе с сахаром — для увеличения спермы.
По описаниям Авиценны, все виды миндаля очищают, чистят и открывают закупорки в печени, селезенке, почках, но сладкий миндаль слабее горького. Прием миндаля со свежей кожурой очищает желудок. Масло миндаля с фиалковым корнем очищает почки, мочевой пузырь, дробит камни. Миндаль укрепляет зрение. Горький миндаль с пшеничным крахмалом помогает от кровохарканья и полезен от хронического кашля, астмы и плеврита. Толокно из миндаля помогает от кашля и кровохарканья.